Участник: д-р Сорен Б. Хайрабедян, доктор

Наименование на посетената институция: Училище за биологически науки, Лаборатория за микроскопски изображения и Лаборатория по протеомика, Университет на графство Есекс, Колчестър, Великобритания

Главен изследовател - домакин: проф. Нелсън Фернандес

Период на посещение:05.03.2012 - 03.04.2012

Цел на посещението: Извършване на конфокална микроскопия с висока резолюция и нано протеомни изследванния върху клетки на Сертоли в условия на активиране на NOD рецептори от вродения имунен отговор

Програма на посещението:

• Функционални изследвания със стимулация с лиганд на миши Сертоли клетки, с последваща конфокална микроскопия с висока резолюция и дигитален запис на изображения, с цел сегментиране на 3-мерни обекти и ко-локализация на рецептори на молекулно ниво

          - отглеждане и поддръжка на клетки от миша Сертоли линия;

          - култивиране в клетъчни камери и стимулирани със специфични лиганди (ie-DAP, LPS) на миши Сертоли клетки, имунофлуоресцентно оцветяване с антитела срещу NOD рецептори, членове на инфламазомния комплекс и пътя на автофагоцитизата;

          - като страничен експеримент бе проведено HLA имунофенотипизиране на клетъчната Сертоли линия 15P-1;

          - Nikon Eclipse Ti конфокална микроскопия и запис на цифрови изображения - в една планарна равнина и многопластови Z-стек изображения на различни комбинации от лиганд стимулиране и ко-локалиция с различни антитела;

          - последващят анализ на цифровите изображения е насрочен за и в момента се извършва в партньорската лаборатория в ИБИР, БАН, България (д-р Сорен Хайрабедян) (примерно изображение е предоставено на тази страница);

• Диференциално сравнение на мембранните нано-протеоми в TLR4 - срещу NOD1 - стимулиран сигналинг в миши Сертоли клетки. Отражение върху динамиката на протеини от кръвно-тестисната  бариера (биоинформатичен анализ: топологичен мрежов анализ и протеиново обогатяване)

          - отглеждането и моно стимулиране на клетките на Сертоли;

          - Протеомен анализ на белтъчни лизати на диференцирано стимулирани или интактни Сертоли клетки с помощта на Thermo Scientific LTQ Orbitrap Nanospray система

          - първичен анализ на съровите данни, включително изчислно натоваращото вероятностно картиране на пептидни сигнатури спрямо различни бази данни на протеини, както и определянето на MS / MS спектрите и експресията в относителни единици бяха извършени в Протеомикс звеното на Универитета Есекс с любезното съдействие на д-р Методи Методиев, като бе съгласувано последващите биоинформатични анализи (обогатяване на протеин и топологични анализи) да бъдат извършени, и в момента са в процес на изпълнение, в партньорската лаборатория в ИБИР, БАН, България (д-р Сорен Хайрабедян);

• Посещение на лекция изнесена от компания Thomson Reuters относно онлайн услуги за omics интеграцияонен анализ;
• Разработване на съвместен план за публикуване на получените в Есекс и преди това в ИБИР данни, и последващият им анализ, в партньорство с лабораториите на Проф. Нелсън Fernández и д-р Методи Методиев и Гергана Методиева

В заключение:

д-р Сорен Хайрабедян би искал да изрази дълбоката си благодарност и признателност от посещението му в Университета на Есекс, и особено на неговия домакин - проф. Нелсън Фернандес, който подкрепи нашия проект относно биологията на вродения имунитет в клетките на Сертоли не само логистично и ресурсно, но най вече с изключителна сърдечност! Проф. Фернандес е основател на Отдела за bioimaging в Колчестър и като такъв има дългогодишен опит в областта на научните изследвания на колокализация на различни рецептори на молекулно ниво с помощта на био-имиджинг и  вдъхнови използването на този изследователски подход в този проект с една много проникновена реч относно bioimaging по време на симпозиум по репродуктивна имунология много преди години. Новозакупената в Университета техника  позволи дори още по-висока резолюция при локализацията на проучваните рецептори и прилагането от мен на наскоро публикуван в Nature Methods подход за сегментацията на 3D обекта и последващата им ко-локализация. Публикация съчетаваща съвместното изследване с използването на този подход и включваща и значително количество експериментални резултати получени от изследователската ни група в ИБИР, БАН е в момента в активна подготовка.